发工资时休息日工资计算存在以下法律风险：
1、证据链不足：若劳动者无法提供考勤记录或工资条，将难以证明休息日加班事实。例如某员工休息日加班却未保留打卡记录，单位否认时，其主张加班工资会因缺乏证据受阻。
2、诉讼时效限制：劳动争议仲裁时效为一年。如员工发现三年前未支付的休息日加班工资，此时已过仲裁时效，维权可能失败。
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发工资时休息日工资计算会受以下特殊情形影响：
1、合同约定优先：若劳动合同明确约定休息日计入工资计算天数，此时休息日会被计算工资，这与常规不计入的规则不同，直接影响工资计算基数。
2、法定节假日重合：当法定节假日与休息日重合时，法定节假日需单独计算工资，此时休息日性质变化，工资计算需优先按法定节假日标准执行。
3、综合工时制特殊处理：实行综合计算工时工作制的岗位，综合周期内总工作时间不超法定标准工时，休息日工资需结合周期内实际工作时长确定，不能简单套用常规规则。
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发工资时休息日是否计算工资，可依据《中华人民共和国劳动法》（2018修正）第四十四条："休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。"该条款表明：正常休息日不计入工作日，一般不计算工资；但休息日被安排工作且未补休的，需支付不低于工资200%的加班工资，即此时休息日需计算工资，反之则不计算。
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处理发工资休息日工资计算时，需避免以下常见错误：
1、忽视合同约定：劳动者未仔细查看劳动合同中工资计算条款，仅凭主观判断工资是否正确，易导致权益误判。
2、未留存证据：部分劳动者不保存考勤记录和工资条，争议发生时因无法举证而维权困难。
3、默认补休不付工资：休息日加班后，用人单位仅口头承诺补休但未实际安排，劳动者默认放弃报酬，未及时确认或要求支付，可能损失应得工资。
如果你遇到上述问题或其他相关疑问，欢迎咨询我为您解答，以便更好维护合法权益。

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